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惡性胃腸道間質瘤一部分可以治愈，一部分可以通過藥物控制達到很好的治療效果。惡性胃腸道間質瘤一般指的是復發轉移胃腸道間質瘤，還有部分初始腫瘤較大不可切除或者潛在可切除的胃腸道間質瘤。手術切除的原發胃腸道間質瘤中，復發轉移的風險比較低，總的復發概率大概在30%，部分可以被治愈。中危和高危的胃腸道間質瘤有轉移復發的可能，危險度越高，轉移復發的可能性越大，隨著腫瘤的不斷耐藥和復發，患者的身體狀況一般也會越來越差。酪氨酸激酶抑制劑對不可切除和術后復發轉移的晚期胃腸道間質瘤，控制率比較高，因此這部分惡性胃腸道間質瘤患者，需要口服靶向藥物進行治療，比如伊馬替尼，盡可能使腫瘤不發生進展，達到帶瘤生存的狀況。但這種狀況下腫瘤不能被稱為治愈，但是可以通過靶向藥物控制病情，讓患者維持比較好的生活質量。