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肺炎衣原體陽性的患者有可能存在衣原體感染的情況，目前我們國家衣原體肺炎占所有肺炎患者的5%左右，所以它的比例也并不是很低。它的臨床表現差異非常大，有一部分病人可以表現為自愈，即自限性疾病，這是癥狀比較輕的一部分患者。 另外一部分患者表現為非常嚴重的肺炎，這種肺炎無法自愈。對于這部分癥狀比較嚴重的患者，肺部的影像變化也比較嚴重，需要進行藥物治療，并且需要結合臨床，選擇對肺炎衣原體有效的藥物，比如四環素、阿奇霉素、氧氟沙星等。 肺炎衣原體感染以后，即使衣原體肺炎已經治愈，患者肺炎衣原體的抗體也會持續很長一段時間，所以臨床上治療不能以衣原體抗體轉陰作為停藥的一個指標。此外，如果患者單純表現為肺炎衣原體抗體陽性，而沒有衣原體感染的其它臨床表現，只能說明這個患者曾經感染過衣原體，而并不代表有新近的感染。