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男性畸形精子率較高需進行相應治療，精子發生、發育及成熟過程較為復雜，會受到各種因素影響。造成精子畸形率增高的因素可以是基因突變、常染色體異常、Y染色體微缺失等遺傳因素，也可以是高溫、輻射、藥物、化學物質、感染等后天性非遺傳性因素所致。首先考慮導致精子畸形的原因是遺傳因素還是非遺傳因素，由于遺傳因素形態學方面改善較為困難，患者如果懷疑為遺傳所致，則應盡早選擇輔助生殖治療并進行染色體檢查等遺傳學檢查。對于非遺傳性因素則應分析與精子畸形相關的有害因素，患者可評估自身生活環境和習慣，是否經常處于高溫環境，或有吸煙、酗酒、長期熬夜等不良習慣，以及是否接觸大劑量輻射等，若存在此類情況則需盡快調整避免。另外，還需進行相關醫學檢查，評估是否存在生殖道感染、精索靜脈曲張、內分泌等情況。通過合理有效治療，多數畸形精子癥患者可取得滿意療效。若經過治療仍無法自然授孕，則可選擇輔助生殖治療。在試管嬰兒技術中，通常會選擇活力和形態最為優秀的精子與卵子進行配對，從而提高成功率。