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排除寶寶是巨結腸的方法是通過病史、特殊檢查，具體如下：一、病史：看典型病史，有沒有胎糞排出延遲、胎糞排盡時間延遲，以及藥物無法改善?長期便秘。二、特殊檢查：1、鋇灌腸檢查：鋇劑灌腸是通過肛門打進鋇劑，顯示整個腸管的形態，可以表現為典型的先天性巨結腸形態；2、肛門直腸測壓：表現為直腸反射波消失，也可以懷疑先天性巨結腸；3、直腸活檢：先天性巨結腸的真正確診是缺乏神經節細胞，可以從直腸取點黏膜、腸管去化驗，做病理檢查才能做出確診。典型的先天性巨結腸的診斷，鋇劑灌腸已經比較充分，再結合直腸測壓、術中快速冰凍病理檢查，都比較充分。對于短暫型、比較懷疑或者全結腸、不太好確診，建議做直腸活檢，這才是金標準，才能確診。