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良性脊索瘤是胚胎殘余組織形成的一種侵襲性生長的腫瘤，雖然這類腫瘤在組織病理學上，表現為良性腫瘤的特征，但生物學的生長方式是一種侵襲性的生長方式。因此良性脊索瘤有時也稱為低度、惡性、侵襲性的腫瘤。由于良性脊索瘤向周圍組織侵襲性生長，所以預后仍然不樂觀。目前的統計資料顯示，大部分良性脊索瘤患者的平均壽命在5年左右，也有一些統計顯示5年的生存率只有30％-40%。因此良性脊索瘤雖然病理學上屬于良性，但預后仍然不樂觀。另外有資料顯示，隨著手術技術的進步，以及術后放療方式的更新換代，還有適用性的靶向藥物用于良性脊索瘤的治療，患者的預期壽命在逐漸延長。較新的資料顯示，良性脊索瘤患者的5年生存率可以達到60％-70%。由此可見，良性脊索瘤的患者，預期壽命未必只有5年。治療反應性良好特別是通過手術全切腫瘤，術后輔以放療等綜合治療，預期壽命有可能達到5年以上，甚至有部分患者可以達到10年以上。但是另外有部分患者，由于病變呈侵襲性生長，會累及周圍很多重要的結構，難以生存到5年，甚至預期壽命只有1-2年的時間。病變累及廣泛，造成嚴重神經功能障礙和其它并發癥的患者，預期壽命會明顯縮短。