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再生障礙性貧血根據類型不同，首選治療方法不同。再生障礙性貧血分為重型再生障礙性貧血和非重型再生障礙性貧血，而非重型再生障礙性貧血又稱為慢性再生障礙性貧血，而對于重型再生障礙性貧血患者，尤其是40歲以下，沒有感染的并發癥，一般狀況比較好，也有合適的供體，尤其是有同胞供體，這時首選進行異基因造血干細胞移植。國內第一例異基因造血干細胞移植實際上并不能算作異基因，而是同基因，因為病人是雙胞胎，一個得了重型再生障礙性貧血，另一個正常；因為是雙胞胎，所以為同基因移植。 對于40歲以上的重型再障病人，不是首選異基因造血干細胞移植，而是首選是ATG或者ALG，即抗淋巴或者抗胸腺細胞球蛋白，屬于免疫抑制劑，再結合其它免疫抑制劑，比如環孢素、雄激素、造血生長因子等治療。對于非重型再生障礙性貧血，首選雄激素治療，還可應用環孢素及造血生長因子進行治療。