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胸腺惡性腫瘤的發病機制目前尚不清楚。胸腺內的細胞成分主要包括上皮細胞和淋巴細胞，像人體其它器官一樣，上皮細胞都有惡變成腫瘤細胞的可能。有學者認為患者既往有放射治療和EB病毒感染病史，可能與胸腺腫瘤有關，具體病因主要有以下幾點： 1、患者接觸危險的致癌因素，如輻射、化學致癌物質等因素，有可能誘發胸腺腫瘤； 2、該病的發病與遺傳有很大的關系，有高危家族遺傳史的患者很有可能患胸腺腫瘤； 3、病毒感染在胸腺腫瘤的發生機制中也可能扮演著重要角色。