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志賀菌引起中毒性痢疾，主要致病物質是細菌產生的內毒素，但也并不是單純內毒素一個因素所決定，因為志賀菌本身就可以產生內毒素，具體發生機制并不完全清楚。?有些人會發生中毒性痢疾，有些人病情比較輕，一般推測引起中毒性菌痢可能是某些特異體質人群對于志賀菌出現過敏反應，才會出現中毒性菌痢，而且常發生于平時比較健康的兒童。內毒素本身可以引起小血管痙攣、血管通透性增加，組織缺氧、灌注，可以導致缺氧或無氧糖酵解增加。如果是腦部血管，可以引起血管通透性增加，引起腦水腫。所以內毒素不僅可以引起感染中毒性休克，表現為血壓下降，還可以出現感染中毒性腦病，可以有腦水腫的表現。志賀菌引起的中毒性菌痢，臨床一般可以分為三種類型，如感染中毒性休克，主要以休克為表現，以及感染中毒性腦病。另外一種類型是二者兼具，病死率相對比較高。