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復發性口腔潰瘍的病因較為復雜，目前并沒有明確、公認的病因，猜測的原因包括以下幾方面：1、病原體感染：部分研究認為出現復發性口腔潰瘍與細菌、病毒感染有關，但目前沒有發現何種病原體與復發性口腔潰瘍的發作、患病有關；2、免疫因素：免疫因素可能與復發性口腔潰瘍有關，但進行較多的免疫指標和抗體，目前沒有發現何種抗體與復發性口腔潰瘍的患者較為明確，患者可能與正常人相同，沒有致病抗體，因此也不認為此病屬于自身免疫性疾??；3、內分泌因素：部分女性患者在月經期，可能出現口腔潰瘍，如果懷孕后可以停止生長，考慮與雌激素、孕激素有關，但也沒有得到較為肯定的結果；4、微量元素缺乏：考慮還可能與鋅缺乏或者鐵缺乏有關，可能引起口腔潰瘍復發，經過補鋅，具有治療的作用，但也不能非常肯定。目前發現部分貧血患者，如果出現缺鐵性貧血，復發性口腔潰瘍復發會更加頻繁，但也不能明確相關的關系；5、遺傳因素：目前發現復發性口腔潰瘍復發，與家族具有一定關系，一家人可能都會出現口腔潰瘍，后代出現口腔潰瘍的幾率較高。如果祖輩出現口腔潰瘍，子輩或者孫輩也容易出現口腔潰瘍，但也沒有明確在遺傳學上發現相關基因。目前盡管進行較多研究、探討，但是目前并沒有公認的病因，因此復發性口腔潰瘍的病因尚未明確。